องค์การสวนพฤกษศาสตร์ ได้เล็งเห็นคุณค่าความสำคัญของการอนุรักษ์ทรัพยากรพืชในแต่ละภูมิภาคของประเทศที่มีความแตกต่างกัน จึงมีนโยบายที่จะจัดตั้งศูนย์รวมพรรณไม้ประจำแต่ละภูมิภาค อย่างน้อยภาคละ 1 แห่ง สำหรับภาคตะวันออก จังหวัดระยองได้ประสานความร่วมมือกับองค์การฯ และหน่วยงานท้องถิ่น ได้ร่วมทำการสำรวจพื้นที่บึงสำนักใหญ่(หนองจำรุง) ตำบลชากพง อำเภอแกลง จังหวัดระยอง ซึ่งมีพื้นที่ทั้งหมดประมาณ 3,800 ไร่ ในการนี้ ทางจังหวัดระยอง และประชาชนในท้องถิ่น เห็นชอบให้องค์การฯ ดูแลรับผิดชอบพื้นที่ในเบื้องต้น ประมาณ 1,193 ไร่ เมื่อปี พ.ศ. 2545 เพื่อพัฒนาจัดตั้งศูนย์รวมพรรณไม้ภาคตะวันออก ให้เป็นแหล่งเรียนรู้ทางธรรมชาติ และให้บริการเผยแพร่ความรู้แก่ประชาชนในท้องถิ่นและผู้มาเยี่ยมชม เพื่อสร้างความเข้าใจในแนวทางการอนุรักษ์ทรัพยากรพื้นที่ชุ่มน้ำและพรรณไม้ท้องถิ่นร่วมกันให้มากขึ้น ทั้งนี้เพื่อให้ทรัพยากรพรรณพืชของประเทศ ได้รับการดูแล และสามารถใช้ประโยชน์ร่วมกันได้อย่างยั่งยืน ซึ่งต่อมาผู้นำท้องถิ่นและประชาชน ได้เห็นพ้องกันที่จะอนุรักษ์พื้นที่ชุ่มน้ำขนาดใหญ่แห่งนี้ ให้เป็นมรดกทางธรรมชาติที่สำคัญของประชาชนในท้องถิ่นจังหวัดระยอง จึงได้เสนอยกระดับความสำคัญของพื้นที่ชุ่มน้ำแห่งนี้ ให้มีความสำคัญในระดับชาติ ตามประกาศคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน
พ.ศ. 2552 ซึ่งมีข้อกำหนดแนวทางการอนุรักษ์พื้นที่ชุ่มน้ำที่มีความสำคัญระดับชาติที่ชัดเจน